1. 设备密封性问题：超临界流体系统需要耐受高压，设备密封性不足会导致气体泄漏或样本被污染。

2. 压力和温度控制不稳定：对压力和温度的精确控制至关重要，控制不当会影响干燥效果和产物的质量。

3. 溶质沉淀和堵塞问题：如果溶质从超临界二氧化碳中沉淀出来，可能会导致管道堵塞。

4. 冷却速率不均：在干燥初期样品温度过高会造成样品外层快速冷却，影响干燥效果。

5. 样品纯度问题：超临界干燥过程中，如果样品含有杂质或异物，可能会导致干燥产物的纯度不达标。

6. 操作安全性问题：超临界流体状态下二氧化碳对许多物质有良好的溶解能力，操作不当可能会导致溶剂中毒或其它健康安全问题。

7. 干燥速率不均匀：样品大小、形状和分布均匀性会影响干燥速率，导致干燥后样品密度不均。

8. 温度梯度过大：在干燥过程中，如果样品内部的温度梯度过大，可能会导致部分区域过度干燥而其他区域还未干燥。

9. 溶剂循环效率低：超临界流体的回收和再利用效率低会增加成本。

10. 产品回收率低：在干燥过程中，部分产品可能会损失，导致回收率和效率低下。

11. 设备腐蚀问题：长时间使用二氧化碳可能会对某些金属管道和设备造成腐蚀。

12. 环境影响：二氧化碳气体的排放会增强温室效应，需要采取相应的回收和处置措施。

13. 操作技术要求高：设备操作需要专业知识和技术，操作员需经过专业培训。